قرر مجلس الجامعة بجلستة المنعقدة بتاريخ 24/2/2014 الاعتراض على قرار المجلس الأعلى للجامعات بشأن (خطاب السيد أ.د/ أمين المجلس الأعلى للجامعات بشأن قرار المجلس الاعلى للجامعات يإحالة موضوع تقرير الجهاز المركزى للمحاسبات شعبة التعليم العالى والخاص بفحص الحساب الختامى للجامعة للعام المالى 2012/2013 , الى السيد أ.د / رئيس جامعة المنصورة لاتخاذ ما يراه مناسبا فى هذا الشأن . )
لاستقلالية الجامعة ومراجعة التقرير بشكل مباشر بين جامعة دمياط والجهاز المركزى للمحاسبات حيث أنها جامعة مستقلة